2007年1月，冼岩发表评论，认为方舟子巧妙避开何祚庥曾留下污点的控制论、共振论和基因学说等，恰到好处既抨击“伪科学”，又保护了成为他衣食父母的何院士。 2014年1月13日，“新语丝”网站经营者方舟子授予何祚庥由林树坤赞助的“新语丝科学精神奖”，奖金为一万瑞士法郎。。
祚庥制造事端。1998年5月23日北京电视台《北京特快》栏目就气功管理问题采访何祚庥，何称有中科院研究生孙为民「练法轮功不吃，不喝、不拉，也不睡」「得了精神病」。事实上，孙为民没有专修法轮功，而是抱著其它辟谷的东西在练，造成不吃不喝不睡觉，没得精神病。中科院研究生曾联名写信和拜访何祚庥。
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zuo xiu zhi zao shi duan 。 1 9 9 8 nian 5 yue 2 3 ri bei jing dian shi tai 《 bei jing te kuai 》 lan mu jiu qi gong guan li wen ti cai fang he zuo xiu ， he cheng you zhong ke yuan yan jiu sheng sun wei min 「 lian fa lun gong bu chi ， bu he 、 bu la ， ye bu shui 」 「 de le jing shen bing 」 。 shi shi shang ， sun wei min mei you zhuan xiu fa lun gong ， er shi bao zhu qi ta pi gu de dong xi zai lian ， zao cheng bu chi bu he bu shui jiao ， mei de jing shen bing 。 zhong ke yuan yan jiu sheng zeng lian ming xie xin he bai fang he zuo xiu 。
1998年，反气功人士、中共中央政法委书记罗干的亲戚连襟何祚庥在北京电视台节目中公开抨击气功团体，并特别提及法轮功。法轮功学员以陈情、游说，电视台撤回了节目，电视台开除了相关责任记者，並在数天后播出了重新制作节目正面介绍法轮功。 1999年4月，何祚庥於天津师范大学创办的《青少年博览》杂誌发表一篇文章《。
什么科学的人才，这是大学的事。’照他的这个‘思想’办学，我们的大学就将办成一个个由国家和人民出钱、国家和人民却管不了的资产阶级自由化的独立王国，那还怎么得了？” 1986年12月初起，科大部分学生因对人大代表的“橡皮图章”性质不满而抗议，进而引发的全国性的八六学潮。在1986年12月4日晚上的学生集。
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